15 февраля 2004 года в честь воинов-интернационалистов, прошедших войну в Афганистане, в школе был открыт музей «Из пламени Афганистана». Инициатором создания музея выступил Красненков Иван Николаевич,  ветеран Великой Отечественной войны,  бывший директор  средней школы №3. Создавая музей, преодолевая разные трудности, препятствия, решая возникающие проблемы, творческая инициативная группа учителей и учащихся под руководством Михайловой Л.А., учителя русского языка и литературы, делала невозможное.  Полному отсутствию средств было противопоставлено огромное желание достичь нужной цели. Огромную помощь  в создании и развитии музея оказал Попечительский совет школы. В результате поисковой работы и экспедиционных поездок стал появляться материал, рассказывающий об афганской войне, о судьбах и подвигах солдат и офицеров, воевавших в Афганистане и не вернувшихся с войны.

Активную безвозмездную помощь в сборе информации и поисковой работе оказывали работники Алатырского объединенного военкомата, ветераны Великой Отечественной войны, работники войсковой части, воины-интернационалисты, жители города.

Фонд музея постоянно пополняется. Сейчас он насчитывает большое количество предметов музейного значения.

В настоящее время в музее  представлены следующие разделы экспозиций: «Учителя школы - участники  Великой Отечественной войны», «М.Г. Суслов, воин-интернационалист, выпускник средней школы №3», «Воины-интернационалисты г. Алатырь», «Солдатский альбом», «Их жизни оборвались в пламени Афганистана», «Военная техника на службе в ДРА», «Хроника Афганской войны», «Сделали мы всё, чтобы кончилась война», «Вроде всё как всегда, только он не вернулся из боя», «России верные сыны».

За много лет существования музея появились новые экспозиции, рассказывающие о героях и участниках Чеченской войны, СВО.

Более десяти  лет актив школьного музея  возглавляет Сарбаева И.Г., учитель истории и обществознания. Под её руководством в школе активно осуществляет свою деятельность волонтёрский отряд «Поиск».

Школьный музей дает возможность детям попробовать свои силы в разных видах научной, технической и общественной деятельности. Участвуя в поисковой  и экспедиционной деятельности, школьники получают опыт общественной деятельности, овладевают необходимыми социальными навыками.